ویژگی اصلی معاهده بوداپست این است که کشورهای عضوی که برای مراحل ثبت اختراع سپرده­ گذاری میکروارگانیسم­ ها را ضروری می­ دانند یا اجازه می­ دهند، به یک «نهاد امین بین المللی » اختیار پذیرفتن نمونه میکروارگانیسم­ ها را می ­دهند، صرف نظر از این که این نهاد در داخل یا خارج از قلمرو کشور مذکور ­باشد.

افشای اختراع شرط ضروری برای اعطای حق اختراع است. به طور معمول، یک اختراع  با توصیف کتبی افشا می ­شود. اما در جایی که اختراع شامل یک میکروارگانیسم است که برای عموم مردم قابل استفاده و در دسترس نیست و افشای آن با توصیف کتبی ممکن نیست، در این وضعیت سپرده ­گذاری یک نمونه از میکروارگانیسم به یک مؤسسه تخصصی لازم می­باشد. در عمل، واژه «میکروارگانیسم» در یک مفهوم گسترده تفسیر می ­شود که شامل مواد بیولوژیکی است که سپرده­ گذاری آن به منظور افشا اختراع –به­خصوص در مورد اختراعات مواد غذایی و دارویی- ضروری می ­باشد.

این معاهده به دنبال این است که سپرده­ گذاری را در تک تک کشورهایی که متقاضی، خواهان حمایت در آنها است، حذف کند؛ بدین منظور معاهده، سپرده­ گذاری میکروارگانیسم­ ها را به «نهاد امین بین المللی » پیش­ بینی کرده است تا برای ادارات کشورهایی که به معاهده پیوسته ­اند و نیز سازمان ­های منطقه ­ای که این سپرده­ گذاری را معتبر می ­دانند و سپرده­ گذاری را برای طی مراحل ثبت ضروری می ­دانند، قابل استفاده و استناد باشد. اداره ثبت اختراع اروپایی (EPO)، سازمان ثبت اختراع اوراسیا (EAPO) و سازمان منطقه­ آفریقایی مالکیت فکری (ARIPO) چنین پذیرشی را بیان کرده ­اند.

آنچه که این معاهده آن را «نهاد امین بین المللی » می ­نامد، معمولاً یک «مجموعه فرهنگی» است که قادر به ذخیره­ سازی میکروارگانیسم ­ها است. برای اینکه یک مؤسسه عنوان «نهاد امین بین المللی » را بیابد، باید توسط کشور عضوی که مؤسسه در آن واقع شده، تجهیز شود و تضمینی به مدیرکل وایپو داده شود که مؤسسه تمام شرایط لازم معاهده را داشته و در ادامه نیز خواهد داشت.

این معاهده سیستم ثبت اختراع کشورهای عضو را جذاب ­تر می­ کند؛ چرا که این امر برای سپرده­ گذارانی که خواهان کسب حمایت در چندین کشور هستند، سودمند است. سپردن میکروارگانیسم تحت فرایند معاهده، از نظر مالی و امنیتی برای سپرده­ گذاران مناسب­تر است. معاهده باعث صرفه­ جویی در پول و کاهش هزینه ­ها می ­شود؛ زیرا به جای سپردن میکروارگانیسم در هر کشور عضوی که متقاضی خواهان کسب حمایت در آنجا است، وی تنها یک بار آن را به یک نهاد امین بین المللی می­سپارد. این معاهده امنیت را از طریق ایجاد یک سیستم یکپارچه سپرده­ گذاری، شناسایی و آماده­ سازی نمونه­ های میکروارگانیسم افزایش می ­دهد.

این معاهده بودجه ­ای برای مؤسسه مقرر نکرده است، اما یک اتحادیه و مجمع عمومی ایجاد می ­کند که اعضای آن کشورهای عضو این معاهده هستند. وظیفه اصلی مجمع اصلاح مقررات معاهده است. از هیچ دولتی نباید درخواست پرداخت سهمی به دفتر بین المللی  وایپو به دلیل عضویت در اتحادیه بوداپست و یا ایجاد «نهاد امین بین المللی» نمود.

معاهده بوداپست (متن کامل درسایت www.wipo.int/treaties در دسترس است) در سال 1977 منعقد شد و برای کشورهای عضو کنوانسیون پاریس در مورد حمایت از مالکیت صنعتی (1883) در دسترس است. اسناد تصویب یا الحاق باید به مدیر کل وایپو سپرده شود.